Am 29. November 1959 wurde der Personenverkehr auf dem Abschnitt Nidda–Schotten eingestellt. Der Güterverkehr wurde noch bis Februar 1960 betrieben. Aufgrund mangelnder Nachfrage wurde auch er eingestellt und schließlich wurde die Strecke wenige Monate nach der kompletten Stilllegung demontiert.
Zunächst wurde mit Wirkung vom 1. März 1991 am Bahnhof Nidda die Abfertigung von Gepäck und Expressgut des Bahnhofs Ranstadt übernommen[1], bis diese dann später auch in Nidda eingestellt wurde.
In den Jahren 2008 und 2009 wurde der Bahnhof (bis auf den Hausbahnsteig) komplett modernisiert. Die Bahnsteige zu den Gleisen 2 und 4 sowie zu den Gleisen 5 und 7 wurden erneuert und auf eine einheitliche Höhe von 55 Zentimeter gebracht.
Bahnhofsanlage
Das Bahnhofsgelände von Nidda hat beachtliche Ausmaße. Neben zahlreichen abgestellten Triebwagen der Butzbach-Licher Eisenbahn (BLE), die hier den Verkehr bis 2005 durchführte, gibt es im südlichen Teil ausgedehnte Verladegleise, einen Lokschuppen und den Industrieanschluss einer Chemieanlage. In Nidda wurde im April 2017 das ESTW-A (an ESTW-Z Altenstadt angeschlossen) als Ersatz für zwei mechanische Stellwerke in Betrieb genommen, da für diese ein Umbauverbot bestand und sich die Ersatzteilbeschaffung für die seltene Bauart Willmann schwierig gestaltete.
Zum Fahrplanwechsel 2003/2004 am 14. Dezember 2003 wurde auf der Lahn-Kinzig-Bahn der Wochenend- und Feiertagverkehr wieder aufgenommen.
Bis zum Fahrplanwechsel 2004/2005 wurde die Strecke der Horlofftalbahn im Nahverkehr von der Butzbach-Licher Eisenbahngesellschaft (BLE) bedient. Seit dem Fahrplanwechsel 2005/2006 wird diese Strecke von der Hessischen Landesbahn GmbH (HLB), der Muttergesellschaft der Butzbach-Licher Eisenbahngesellschaft.
Auch wenn der Bahnhof inzwischen unbesetzt ist, herrscht hier zumindest zeitweise auch noch reger Verkehr, wenn die Züge von und nach Gelnhausen, Gießen und Friedberg zusammenkommen und das gegenseitige Umsteigen ermöglichen. Züge Richtung Gießen fahren von Gleis 2, die Züge nach Gelnhausen von Gleis 4 und Richtung Friedberg von den Gleisen 5 und 7 ab. Gleis 1 (der Hausbahnsteig) war das Gleis in Richtung Schotten.
Auf der Lahn-Kinzig-Bahn verkehren die Züge im Stundentakt zwischen Gießen und Gelnhausen. In der Hauptverkehrszeit enden bzw. beginnen einzelne Züge in Nidda.
Auf der Horlofftalbahn verkehren die Züge im Stundentakt über Echzell, Reichelsheim und Beienheim nach Friedberg. In der Hauptverkehrszeit verkehren auf der Strecke durchgehende Züge von und nach Frankfurt (Main) Hauptbahnhof. Zwei dieser Züge werden lokbespannt von der DB Regio AG mit einer Lokomotive der Baureihe 245 und Doppelstockwagen (ab der Fahrplanumstellung 2012/2013 Doppelstockwagen mit lokomotive der Baureihe 218, davor mit n-Wagen), ein Zug in Mehrfachtraktion mit den auch ab Friedberg verkehrenden GTW 2/6 durch die HLB bedient (Stand 2024).