Der etwa 110 km lange Fluss bildet den Abfluss des Babine Lake, den er an dessen nördlichem Seeende bei Fort Babine verlässt. 3 km flussabwärts liegt der knapp 10 km lange Nilkitkwa Lake, der eine Flussverbreiterung darstellt. Der Babine River durchfließt den Süden der Skeena Mountains, die einen Teil des British Columbia Interior bilden. Er fließt anfangs 30 km in nördlicher Richtung und wendet sich anschließend nach Nordwesten und schließlich nach Westen. Größere Nebenflüsse sind Nilkitkwa River, Shelagyote River und Shedin Creek von rechts sowie Nichyeskwa Creek und Thomlinson Creek von links.
Der Babine River entwässert ein Areal von 10.374 km². Der mittlere Abfluss unterhalb des Nilkitkwa Lake beträgt 50,3 m³/s.[4] Die abflussstärksten Monate sind Mai, Juni und Juli.[4]
