Während der letzten Kriegsmonate verlobte sie sich am 20. Februar 1918 mit dem 30 Jahre älteren Kronprinzen Rupprecht von Bayern. Jedoch wurde diese Verbindung aus politischen Gründen bald wieder aufgelöst. Im Februar 1921 wurde die Wiederverlobung des Paares bekannt gegeben, und am 7. April 1921 fand die Hochzeit statt. Aus der Ehe gingen sechs Kinder hervor.
Nach dem Attentat auf Adolf Hitler durch den deutschen Widerstand vom 20. Juli 1944, wurde bei der Wehrmacht nach Mitwissern und deren Familien gesucht, welche zur christlich-konservativen „Reaktion“ gezählt wurden und gegen den Nationalsozialismus eingestellt waren. Rupprecht, der sich ab 1940 im Exil in Italien aufhielt, galt als Sammelpunkt bayrischer Monarchisten und geriet ins Visier der Gestapo. Nach längerer Überwachung konnte er abtauchen und sich in Florenz verstecken.
Am 27. Juli 1944 wurde Antonia mit den Kindern in Südtirol in „Sippenhaft“ genommen. An Rippenfellentzündung schwer erkrankt, wurde sie im Oktober 1944 von ihrer Familie getrennt und in ein Krankenhaus in Innsbruck eingeliefert.[1] Die Kinder wurden im Sonderlager des KZ Sachsenhausen interniert und Ende Februar 1945 weiter in das KZ Flossenbürg verschleppt. Zunächst wegen der zunehmenden Bombenangriffe nach Seefeld in Tirol evakuiert, wurde Antonia im Januar 1945 nach Jena gebracht und unter dem Decknamen „Albertine Bingen“ in einer Klinik gefangen gehalten. Hier stieß Ende April 1945 eine luxemburgische Rot-Kreuz-Kommission auf die nur noch 72 Pfund wiegende Kronprinzessin.
