Am 24. September 1581 heiratete er in Saint-Germain-l’Auxerrois Marguerite de Vaudémont-Lorraine (1564–1625),[4] Tochter von Nicolas de Lorraine, Herzog von Mercœur, und Johanna von Savoyen, eine Halbschwester der Königin Louise de Lorraine-Vaudémont. Das Paar erhielt als Hochzeitsgeschenk vom König 300.000 Écu. Im August wurde die Vizegrafschaft Joyeuse zum Herzogtum und zur Pairie erhoben, was mit einem Vorrecht gegenüber den anderen Herzögen und Pairs mit Ausnahme der Prinzen von Geblüt verbunden war. Der König schenkte ihm darüber hinaus die Herrschaft Limours. Am 15. Oktober 1581 wurde aus Anlass dieser Hochzeit im Pariser Louvre das über fünfstündige Ballet comique de la reine aufgeführt.
Anne de Joyeuse befehligte einen Feldzug gegen die Protestanten im Poitou, bei dem er das Wohlwollen des Königs durch ein Massaker an 800 Hugenotten in La Mothe-Saint-Héray am 21. Juni 1587 (genannt das Massaker von Saint-Eloi) verlor. Nach einem frostigen Empfang beim Hofe glaubte er der königlichen Ungnade dadurch zu entkommen, dass er sich den Truppen anschloss, die Heinrich von Navarra bekämpften. Am 20. Oktober 1587 griff er in der Schlacht von Coutras protestantische Truppen an. Seine Infanterie und seine Kavallerie unterlagen, Anne de Joyeuse wurde erkannt, gefangen genommen und durch einen Pistolenschuss getötet. Unter den 2000 katholischen Toten der Schlacht befand sich auch einer seiner jüngeren Brüder, Claude de Joyeuse, Seigneur von Saint-Sauveur (geboren 1569).
Pierre de Vaissière: Messieurs de Joyeuse (1560–1615). Portraits et documents inédits. Michel, Paris 1926.
Nicolas Le Roux: La Faveur du roi. Mignons et courtisans au temps des derniers Valois. Champ Vallon, Seyssel 2001, ISBN 2-87673-311-0 (vers 1547 – vers 1589).