Josef Amrhein wurde als Sohn eines Landwirtes geboren. Er besuchte die Schule in Beromünster, anschließend in Luzern. Noch vor Abschluss des Gymnasiums wurde er 1862 sehr schwer krank. Er musste die Schule abbrechen und ging nach Florenz, wo er sich zum Maler ausbildete. Ab 1865 setzte er seine Lehrzeit als Künstler in Paris fort; Studienaufenthalte in Neuenburg und Luzern schlossen sich an.[1] Die Predigten des Schweizer Jesuiten Peter Roh bei einer Volksmission und zwei religiöse Erlebnisse führten dazu, dass Josef Amrhein sich immer mehr mit religiösen Fragen und Themen beschäftigte. Im Herbst 1868 nahm er das Studium der Theologie an der Eberhard Karls Universität in Tübingen auf.
1870 trat er in das Kloster Beuron und damit in den Orden der Benediktiner ein. Dabei nahm er den Ordensnamen Andreas an. Seine Vorstellung, benediktinisches Leben und Missionstätigkeit zu verbinden, konnte er in der Beuroner Kongregation nicht verwirklichen. Nach einer ersten Gründung 1884 in Reichenbach wurde die Gemeinschaft 1887 nach Emming verlegt. Bereits im selben Jahr konnte er eine erste Gruppe von Mönchen als Missionare nach Afrika entsenden.
Ihm lag daran, dass die Mission sich nicht auf die Verkündigung des Evangeliums beschränkte, sondern in das alltägliche Leben hineinwirkte. Deshalb war für ihn der Beitrag der Laienbrüder als Handwerker, Bauern, Lehrer, Ärzte usw. unerlässlich.[2]
Das Kloster nannte sich nach dem Wallfahrtsort Sankt Ottilien (der Ortsname Emming wurde 1904 aufgegeben). Der Klausurbereich des Klosters wurde nach Plänen von Amrhein ab 1892 im neugotischen Stil errichtet. Amrhein leitete die Benediktinerkongregation von St. Ottilien bis 1895 als erster Generalsuperior.
1895 erlitt Amrhein eine persönliche Krise und erfuhr einen Zusammenbruch; mehr als zwanzig Jahre lang hielt er sich außerhalb eines Kloster auf und arbeitete teilweise (nach 1907) als Illustrator des Katechismus für das Bistum Rottenburg. 1923 kehrte er in das Kloster St. Ottilien zurück und lebte dort bis zu seinem Tod.
Theodor Wolf: Pater Andreas Amrhein – Porträt einer Gründergestalt und die Entstehung des Missionswerkes St. Ottilien auf dem zeitgeschichtlichen Hintergrund mit Ausblick auf die Gegenwart. In: Erbe und Auftrag, Jg. 78 (2002), S. 356–369.
Peter Rohrbacher: Deutsche Missionsinitiativen am Campo Santo Teutonico. Die Missionsbenediktiner in Deutsch-Ostafrika und die Nordischen Missionen(online). In: Stefan Heid, Karl-Joseph Hummel (Hrsg.): Päpstlichkeit & Patriotismus. Der Campo Santo Teutonico: Ort der Deutschen in Rom zwischen Risorgimento und Erstem Weltkrieg (1870–1918). Herder, Freiburg 2018, ISBN 978-3-451-38130-0, S. 613–643.
Cyrill Schäfer: Der Gründer. P. Andreas Amrhein (1844–1927) – Pionier, Träumer und Prophet. EOS, Sankt Ottilien 2023 (Ottilianer Reihe; 20), ISBN 978-3-8306-8196-0.