Das Amt Gottorf entstand aus jenen Harden, die um die Burg Gottorf lagen. Auf dem Gelände der Burg – erstmals erwähnt um 1161 – befindet sich das heutige Schloss Gottorf. Das Amt erstreckte sich südlich des Amtes Flensburg von der Landschaft Angeln bis an die Flüsse Treene und Sorge. Im Spätmittelalter (ca. 1250 bis 1500) gehörten zum Amt Gottorf noch das Amt Husum, das Amt Hütten und die Hohner Harde.