Seine Mutter war Erzherzogin Maria Leopoldine von Österreich-Este (1776–1848), die Witwe des pfalz-bayerischen Kurfürsten Karl Theodor († 1799). Als verwitwete Kurfürstin heiratete sie im November 1804 Graf Ludwig von Arco (1773–1854).
Aloys und sein jüngerer Bruder Maximilian verbrachten ihre frühe Kindheit auf Schloss Stepperg und wurden von Hauslehrern unterrichtet, später kamen sie mit ihren Eltern nach München, wo sie das Palais Arco-Zinneberg bewohnten. Diese waren sehr wohlhabend und besonders die Mutter erwarb durch Fleiß und Geschäftstüchtigkeit eines der größten Privatvermögen in Bayern. Aloys von Arco-Stepperg schloss 1825 seine Gymnasialstudien mit dem Abitur am (heutigen) Wilhelmsgymnasium München[1] ab.
Graf Aloys von Arco-Stepperg heiratete 1830 Markgräfin Irene Pallavicini (1811–1877). Die Ehe blieb kinderlos.
Mit Pauline Oswald (1851–1902) hatte er eine Tochter, Sophie (1868–1952). Sechs Monate nach dem Tod seiner ersten Frau heiratete er Pauline und legitimierte seine Tochter zur Gräfin von Arco-Stepperg. Sie erbte Schloss und Gut Stepperg und heiratete den aus französischem Adel stammenden Graf Ernst von Moy de Sons. Das Schloss befindet sich seitdem bis heute im Besitz dieser Familie.
↑Max Leitschuh: Die Matrikeln der Oberklassen des Wilhelmsgymnasiums in München. Band 3: 1740/41 – 1829/30. Beck, München 1973, ISBN 3-406-10899-7, S. 267.