Die Hydrographie-Hauptverwaltung in St. Petersburg gründete 1898 die Hydrographische Expedition des Nördlichen Eismeers. die eine langjährige systematische Untersuchung des Arktischen Ozeans durchführen sollte. Insbesondere sollten die Tiefenverteilung, die Strömungen, die Eisverhältnisse und die für die Schifffahrt geeigneten Zonen bestimmt werden. Chef der Expedition wurde der Oberst des Flottensteuermann-Korps Andrei Wilkizki mit Wernak als Stellvertreter.[2] Ihr Assistent war Iwan Sergejew. Speziell für die Bedürfnisse der Expedition wurde im April 1898 in England ein Dampfschiff gekauft, das den Namen Pachtussow nach dem Polarforscher Pjotr Pachtussow erhielt. Während der ersten fünf Jahre der Expedition kommandierte Warnek das Schiff und fuhr jährlich in den Arktische Ozean.[3]
Im Sommer 1902 führte Warnek nun als Expeditionsleiter im Weißen Meer Untersuchungen durch und dann nahe der Insel Waigatsch in der Jugorstraße und der Karastraße und in der Karasee.[2] Mit den Ergebnissen konnten bei den von Otto Paul von Krusenstern 1862 bestimmten Tiefen-Daten im Gebiet der Insel Waigatsch wichtige Korrekturen angebracht werden. Dazu wurden Inseln und Buchten erkundet. Warnek benannte eine Bucht im Norden der Insel Waigatsch nach seinem Mitarbeiter Georgi Sedow. 1903 wurde Warnek in der Expedition durch OberstleutnantFjodor Drischenko ersetzt und zum Kommandanten des AusbildungskreuzersWestnik ernannt. 1904 wurde Warnek Mitglied der Kommission zur Erschließung des Nördlichen Seewegs unter dem Vorsitz Andrei Kilkizkis. Die Kommission entwickelte ein Projekt mit breit angelegten Untersuchungen aller Teile des Nördlichen Seewegs, das wegen der zu hohen Kosten von ungefähr 3 Millionen Rubel von der Regierung abgelehnt wurde. Im selben Jahr wurde Warnek zum Inspektor des St. Petersburger Kaiserlichen Alexander-Lyzeums und zum Kapitän 1. Ranges ernannt.[3]
Im November 1908 wurde Warnek Ratsmitglied des Kaiserlichen Alexander-Lyzeums. Im April 1909 wurde er zum Generalmajor befördert. Im Oktober 1912 wurde er zum Mitglied der Marine-Akademie und Mitglied des Wissenschaftsrats der Hydrographie-Abteilung berufen. Am Ende des Jahres schied er als Generalleutnant aus dem aktiven Dienst aus. Er arbeitete in der Norddampfschiffgesellschaft und dann in der Zentralverwaltung es Marine-Ministeriums.[3]
Warnek hatte 1893 Nadeschda Petrowna geborene Moskalskaja (1870–1908) geheiratet, mit der er vier Kinder hatte. In 2. Ehe heiratete er Anna Romanowna von Gerngross (1877–1961).[1]
Warneks Namen tragen eine Bucht der Insel Waigatsch, eine 1934 entstandene Siedlung auf der Insel Waigatsch (Autonomer Kreis der Nenzen) und ein Kap an der Westküste Nowaja Semljas, das Georgi Sedow 1913 benannt hatte.[3][5]
