Von 2001 bis 2009 wirkte Wedernikow als Musikdirektor und erster Dirigent des Bolschoi-Theaters. Hier erarbeitete er u. a. 2007 eine Neuproduktion von Boris Godunow in Mussorgskis Original-Orchestration.[3] Von 2009 bis 2018 war er Chefdirigent des Odense Symphony Orchestra.[2] 2018 wurde er Chefdirigent am Königlich Dänischen Theater in Kopenhagen,[4] 2019 außerdem Musikdirektor und Chefdirigent am Michailowski-Theater in Sankt Petersburg.[5]
Alexander Wedernikow starb am 29. Oktober 2020 unter Komplikationen mit einer SARS-CoV-2-Infektion während der COVID-19-Pandemie in Russland im Alter von 56 Jahren in Moskau.[6]