Scheden er beliggende i Naturpark Münden sydvest for det bjerget Hohen Hagen (493 moh.) og gennemløbes af floden Schede, der er en biflod til Weser. I den sydøstlige del af kommunen (ved landsbyen Meensen) findes kildeområdet til floden Dramme, som er en biflod til Leine. Ved Meensen ligger Brackenberg (461 moh.), hvor man finder Burgruinen Brackenburg.