Fra sommeren 2008 var han assistenttræner under Thomas Thomasberg.[2][3] Da Thomas Thomasberg blev fyret i midten af midten af august 2009, forlod Andersen ligeledes sin post som assistenttræner.[4]
Han blev siden cheftræner for FC Midtjyllands U/19-hold i U/19 Ligaen, som han førte til 5 danske mesterskaber.[5]
Den 10. oktober 2018 blev det offentliggjort, at Andersen var ny cheftræner for FC Midtjyllands førstehold. Den hidtidige cheftræner Jess Thorup var blevet solgt til K.A.A. Gent.[6] Han skrev under på en treårig kontrakt.[6] Skønt han stod bag klubbens sølvmedaljer i 2018-19-sæsonen, og holdet var ubesejret i de første seks kampe i den nye sæson i Superligaen, valgte Kenneth Andersen 19. august 2019 at fratræde cheftrænerstillingen.[7]
Fra sommeren 2021 blev han igen cheftræner for FC Midtjyllands U/19-hold.[8]