Prins Joachim Ernst voksede op i Dessau. Han havde fem søskende, men hans to ældste søskende, Prinsesse Frederikke og Prins Leopold, døde som små. Han var lillebror til prinsesse Marie Auguste af Anhalt.
Joachim Ernst giftede sig første gang den 3. marts1927 på Ballenstedt Slot med Elisabeth Strickroth (3. september 1903 – 5. januar 1971), datter af en operasanger. Hun fik tildelt titlen Grevinde af Askanien. Parret blev skilt i 1929.[4]
Joachim Ernst giftede sig anden gang den 15. oktober1929 med Edda-Charlotte von Stephani-Marwitz (20. august 1905 – 22. februar 1986), der som voksen blev adopteret af Bertha von Stephani, efter sigende mod en betaling på 10.000 mark, med det formål at forbedre hendes sociale status.[5] I ægteskabet blev der født fem børn:[4]
Marie Antoinette Elisabeth Alexandra Irmgard Edda Charlotte (14. juli 1930 – 22. marts 1993), gift første gang i 1957 (skilt 1968) med Karl-Heinz Guttmann og anden gang i 1974 (skilt 1976) med Max Riederer.
Anna Luise Marie Friederike Elisabeth Alice (26. marts 1933 – 1. november 2003), gift 1966 (skilt 1970) med Thomas Birch.