J.C. Clausen var søn af bogholder Lauritz Christian Clausen og Jensine Grauleff. Han kom til Horsens for at være ledende ingeniør ved opførelsen af Horsens Gasværk i 1859. Clausen havde ikke nogen formel arkitektuddannelse, men han ankom til købstaden på det rigtige tidspunkt, for industrialiseringen skabte mange nye arbejdsopgaver – fabrikker, arbejderboliger etc. Han blev i byen og fik i årene, der fulgte, en del opgaver af meget forskellig karakter. Som et barn af sin eklekticistiske tid arbejdede han i meget forskellige stilarter alt efter opgaver. Hans hovedværk er trævarefabrikken Bastian i mønstermurværk, som ofte fremhæves som et af de mest originale og harmoniske danske fabriksanlæg.
Clausen var medstifter af Horsens Arbejderforening og Arbejdernes Byggeforening 1871.
Clausen blev gift 18. august1863 i Horsens med Caroline Margrethe Hjerrild (16. februar 1842 smst. – 20. juli 1893 i København), datter af hospitalsforstander, kancellirådChristian Hjerrild og Stephansine Smidt.
