Holger Jensen blev født i Aalborg i 1918. Han var i tømrerlære i perioden 1935-38 og uddannedes derefter på Københavns Bygmesterskole i 1940 samt på Kunstakademiet, hvor han i 1950 modtog akademiets lille guldmedalje. I 1951 var han på studieophold i Boston i USA, hvor han bl.a. mødte arkitekten Frank Lloyd Wright, hvis arkitekturopfattelse kom til at påvirke ham.
I 1952 stod han for opførelsen af sin første kirke, Sjælør Kirke i Sydhavn Sogn i Københavns Stift, som senere blev efterfulgt af de mange andre, han er kendt for, men han har også bygget forskellige institutioner og enfamiliehuse.
Foruden at være arkitekt havde Holger Jensen evner som tegner og maler og har selv udsmykket nogle af kirkerne med kalkmalerier. Han har desuden tegnet julemærkerne for årene 1959 og 1961.
Kendetegnende for alle hans kirker er, at de er funktionalistiske, beskedne af størrelse og fleksible. Holger Jensen er blevet kaldt de små kirkers arkitekt. De er egnede til at understrege kirken som et hus for menighedens fællesskab mere end til kultisk højtidelighed.