Nakata blev i 2004, som den eneste japaner, udvalgt til FIFA 100, en kåring af de 125 bedste nulevende fodboldspillere gennem historien, og blev også i både 1997 og 1998 kåret til Årets spiller i Asien.
Nakata nåede i løbet af sin karriere at spille 77 kampe og score 11 mål for Japans landshold, som han repræsenterede i årene mellem 1997 og 2006. Han var en del af den japanske trup til både VM i 1998, VM i 2002 og VM i 2006. Derudover var han også tre gange med til Confederations Cup med sit land.
