Dannelsen af universitetet kom som direkte følge af kommunisternes forfølgelse af studenter i Østberlin.[kilde mangler][forklar yderligere] I 1980'erne udviklede det sig til masseuniversitet, og antallet af studerende var ved den tyske genforening i 1990 over 60.000.
Som følge af reducering af studiepladser ved Freie Universität, og idet Humboldt-universitetet igen blev tilgængelig, er antallet studenter nu reduceret til 42.700.
