Hospitalet blev etableret efter ordre fra Frederik 1. af Preussen nord for Berlins bymure. Byen var dengang ramt af en epidemi af byldepest, som allerede havde affolket store dele af Østpreussen. Da epidemien var ovre, behandlede hospitalet byens fattige. 9. januar1727 gav Frederik Vilhelm 1. af Preussen hospitalet navnet Charité; fransk for barmhjertighed. Opførelsen af et anatomisk teater i 1713 markerede begyndelsen på hospitalets lægeuddannelse, der dengang blev drevet af Preußische Akademie der Wissenschaftens medicinske kollegium. I 1795 kom Pépinière-skolen til, som uddannede militærlæger.
Efter grundlæggelsen af Universität zu Berlin (i dag Humboldt-Universität zu Berlin) i 1810, integrerede dekanen for det medicinske fakulutet Christoph Wilhelm Hufeland i 1828 hospitalet som universitetshospital. Efter Berlins deling i 1949 fungerede Charités Campus Mitte som det primære hospital for Østberlin og var tilknyttet Humboldt Universität, mens Freie Universität opførte Campus Benjamin Franklin i bydelen Steglitz i 1968. I 1986 blev Städtische Rudolf-Virchow-Krankenhaus til det andet universitetshospital for Freie Universität. I 2003, hvor Berlin for længst var genforenet, fusionerede de tre universitetshospitaler til én organisatorisk enhed med tre fysiske placeringer.
