Leboeuf startede sin seniorkarriere i 1988 i Laval, hvor han spillede sine første tre professionelle år, inden han i 1991 skrev kontrakt med Ligue 1-klubben RC Strasbourg. Her var han med til at vinde UEFA Intertoto Cup i 1995, og det var også under hans tid i denne klub at han i 1995 fik sin landsholdsdebut.
Efter at have spillet 172 ligakampe for Chelsea rejste Leboeuf i 2001 tilbage til Frankrig, hvor han skrev kontrakt med Olympique Marseille. Her var han tilknyttet i to sæsoner, inden han skiftede til Qatar, hos klubben Al Sadd SC.
Han spillede herefter 2 sæsoner hos Hollywood United, inden han stoppede karrieren.
Landshold
Lebouef nåede gennem sin karriere at spille 50 kampe og score fem mål for det franske landshold, som han debuterede for i 1995. Han blev af landstræner Aimé Jacquet udtaget til VM i 1998 på hjemmebane i Frankrig, og var her med til at blive verdensmester.