Florian Larsen var søn af bud i Danske Kancelli Jens Larsen (1803-1847) og Anne Cathrine Piil (1810-1887), blev student 1855 fra Borgerdydskolen i København og cand.jur.1862. To år efter fik han ansættelse som assistent i Indenrigsministeriet, hvor han 1874 blev konstitueret fuldmægtig og fast ansat året efter, 1879 konstitueret kontorchef, og fast ansat 1880. 1884 blev han assessor (dommer) i Overretten, 1894 i Højesteret, tog sin afsked 1910 og blev ekstraordinær assessor i Højesteret. Larsen var i sin ungdom amanuensis hos Sjællands biskop og erhvervede bl.a. derigennem solidt kendskab til praktisk kirkeret, hvilket udmøntede sig 1901-12 i tre bind Den danske Kirkeret, en især for præster bestemt håndbog, som dog ret tidligt blev forældet af senere udviklinger.
Larsen blev gift første gang 17. november 1865 i Vor Frue Kirke med Anna Maria Martensen (4. november 1841 i København – 12. november 1888 i Lyngby), datter af professor, senere biskopH.L. Martensen og 1. hustru. Anden gang ægtede han 27. oktober1899 i Hvidovre Kirke Sophie Augusta Louise Camilla Hennings (23. december 1873 i København – 17. juni 1931 sammesteds), datter af fuldmægtig, senere kabinetssekretær, gehejmeetatsråd Sophus Hennings og hustru.
