Elpersbüttel er beliggende i den vestlige del af Dithmarschen, cirka 2 km syd for Meldorf, og lige øst for Meldorfer Bucht. I bugten ligger den tidligere ø Helmsand, der nu er landfast og en del af kommunen.
I kommunen finder man ud over Elpersbüttel, disse landsbyer og bebyggelser: Elpersbüttelerdonn, Eesch, Lütjenbüttel, Elpersbüttelerdeich og Eescherdeich.