Cup Winners' Cup 2008–09 for kvinder var den 16. udgave af Cup Winners' Cup arrangeret af European Handball Federation.

Otte useedede hold spillede om fire pladser i 3. runde, hvor de tyve seedede hold trådte ind i turneringen.

Dato		Hjemmehold i 1. kamp	Hjemmehold i 2. kamp	Resultat
1. kamp	2. kamp			1. kamp	2. kamp	Samlet
5.10.	12.10.	Van der Voort - Quintus	HIFK Damhandboll	33-21	29-20	62–41
4.10.	11.10.	Maiastars	Önnereds HK	20-39	16-31	36–70
4.10.	12.10.	DHK ZORA Olomouc	BNTU-BelAZ Minsk Region	25-21	28-23	53–44
11.10.	12.10.	ABU Baku	Panellinios Lefkosias	27-23	20-25	47–48

De fire vindere af 2. runde spillede sammen med tyve seedede hold om tolv pladser i 1/8-finalerne.

Dato		Hjemmehold i 1. kamp	Hjemmehold i 2. kamp	Resultat
1. kamp	2. kamp			1. kamp	2. kamp	Samlet
2.11.	9.11.	DHK ZORA Olomouc	ZZRK Dinamo Petrohemija	35-25	29-30	64–55
8.11.	9.11.	Van der Voort - Quintus	SC Luch	26-35	23-33	49–68
1.11.	8.11.	Gjerpen Handball	Panellinios Lefkosias	47-21	36-20	83–41
1.11.	2.11.	Otelul Galati	ZRK Ljubuski-Lido Osiguranje	34-14	36-12	70–26
[1]	[1]	Levanger HK	Gazi University SC	10-0[1]	10-0[1]	20–00
1.11.	8.11.	Önnereds HK	RK Tresnjevka	25-31	21-29	46–60
2.11.	8.11.	Politechnika Koszalin	Balonmano Parc Sagunto	23-28	23-36	46–64
1.11.	8.11.	MGA Handball	SK Karpatj Uzjgorod	23-35	19-40	42–75
1.11.	9.11.	IUVENTA Michalovce	Havre HAC	23-19	22-25	45–44
31.10.	1.11.	KIF Vejen	GAS Anagennisi Artas	31-17	33-24	64–41
8.11.	9.11.	TSV Bayer 04 Leverkusen	TSV St. Otmar St. Gallen	41-29	30-18	71–47
1.11.	2.11.	DVSC-Aquaticum	SS Pallamano Bancole	44-26	38-23	82–49

De tolv vindere af 3. runde spillede sammen med de fire treere fra Champions League's gruppespil om otte pladser i kvartfinalerne.

Dato		Hjemmehold i 1. kamp	Hjemmehold i 2. kamp	Resultat
1. kamp	2. kamp			1. kamp	2. kamp	Samlet
14.2.	15.2.	Gjerpen Handball	SK Karpatj Uzjgorod	39-30	35-33	74–63
8.2.	14.2.	DVSC-Aquaticum	Otelul Galati	34-29	24-29	58–58
8.2.	14.2.	DHK ZORA Olomouc	FCK Håndbold	28-31	20-32	48–63
7.2.	14.2.	IUVENTA Michalovce	Levanger HK	29-28	13-19	42–47
7.2.	15.2.	KIF Vejen	Larvik HK	21-25	22-26	43–51
8.2.	15.2.	TSV Bayer 04 Leverkusen	Kometal Gjorce Petrov	31-21	20-21	51–42
14.2.	15.2.	Metz Handball	RK Tresnjevka	26-20	33-19	59–39
7.2.	14.2.	Balonmano Parc Sagunto	SC Luch	31-32	42-27	73–59

Dato		Hjemmehold i 1. kamp	Hjemmehold i 2. kamp	Resultat
1. kamp	2. kamp			1. kamp	2. kamp	Samlet
15.3	21.3	Larvik HK	Otelul Galati	26-22	28-22	54–44
15.3	21.3	Gjerpen Handball	Balonmano Parc Sagunto	39-33	27-32	66–65
15.3	21.3	Metz Handball	FCK Håndbold	20-23	18-23	38–46
14.3	15.3	TSV Bayer 04 Leverkusen	Levanger HK	23-14	22-16	45–30

Dato		Hjemmehold i 1. kamp	Hjemmehold i 2. kamp	Resultat
1. kamp	2. kamp			1. kamp	2. kamp	Samlet
11.04	18.04	TSV Bayer 04 Leverkusen	FCK Håndbold	9-21	18-21	27–42
19.04	18.04	Larvik HK	Gjerpen Handball	37-23	37-20	74–43

Dato		Hjemmehold i 1. kamp	Hjemmehold i 2. kamp	Resultat
1. kamp	2. kamp			1. kamp	2. kamp	Samlet
09.5	17.5	Larvik HK	FCK Håndbold	23-21	21-26	44–47

• EHF – Women's Cup Winners' Cup 2008/09 (engelsk)