Juncker blev socialminister i Poul Nyrup Rasmussensregering 28. januar 1994, men måtte gå af kun 14 dage senere på grund af nogle uheldige udtalelser, hun fremsatte i forbindelse med klager over nogle psykisk udviklingshæmmede beboere i nærheden af familiens sommerhus i Råbymagle på Møn. På daværende tidspunkt var hun gift med Uffe Thorndahl.