Barnitz ligger øst for Bad Oldesloe, og sydvest for Lübeck og rummer landsbyerne Benstaben, Groß Barnitz, Klein Barnitz og Lokfeld. Floden Trave løber gennem kommunen i en malerisk floddal. MotorvejenA1 fra Hamborg til Lübeck strejfer kommunen område mellem Benstaben og Klein Barnitz.