Vláda španělských Habsburků pokrývala 16. a 17. století, kdy Španělsko dosáhlo zenitu své moci (celosvětová koloniální říše, zejména v Americe) a velkého rozkvětu kultury (malířství, literatura). Rigidní a marnotratná politika však nedokázala ohromných příjmů a zdrojů z kolonií efektivně využít a Španělsko během habsburské éry několikrát prošlo státním bankrotem. Země stagnovala také vojensky, což vedlo ke ztrátě námořní dominance ve prospěch Angličanů.
Habsburkové se vyznačovali preferencí sňatků mezi členy rodu, tedy značnou měrou příbuzných osob, což mělo za následek kumulaci genetické zátěže. Kromě typického „habsburského rtu“ a výrazně předsunuté tzv. „habsburské čelisti“ byli členové rodu často vážně nemocní nebo různě postižení a předčasně umírali, většinou už v dětském věku. I přes enormní množství královských porodů tak nad dynastií často visela hrozba vymření, která se nakonec naplnila roku 1700, kdy zemřel bezdětný Karel II., potomek Karla V. ve čtvrté generaci.
V souladu s jeho závětí, jejíž legitimita je ovšem zpochybňována, a v rozporu s předešlými dohodami s rakouskými Habsburky, nastoupil po něm na trůn jeho prasynovec Filip V. z bourbonské dynastie, vnuk tehdejšího francouzského krále Ludvíka XIV. a mladší bratr jeho následníka. Bourbonský nárok se odvozoval od Ludvíkovy manželky Marie Terezy, dcery Filipa IV. Španělského. To vyvolalo prudký odpor císaře Leopolda (jehož mladší syn Karel měl původně španělský trůn obdržet), načež v koalici s Anglií a Nizozemskem zahájil proti Francii a bourbonskému Španělskuválku o španělské dědictví. V té nakonec Filip V. svůj nárok uhájil a v letech 1713–1714 byl za určité diplomatické a územní ústupky španělským králem všeobecně uznán. Jeho potomci v mužské linii vládnou ve Španělsku (s několika přestávkami) dodnes.
Rodokmen
V následujícím rodokmenu jsou španělští králové vyznačeni tučným písmem, kurzívou jsou uvedeni členové bourbonské dynastie.