V roce 1899 odešel Elger do Adamova, kde se záhy stal šéfinženýrem a nedlouho poté i ředitelem tamních strojíren. Jeho působení v adamovských strojírnách však nemělo dlouhého trvání, od roku 1901 začal působit jako řádný profesor nauky o strojích na brněnské technice, kde setrval až do roku 1937. Zprvu vyučoval obecnou a teoretickou nauku o strojích a ve dvacátých letech vedl cvičení z paliv a olejů. Elger byl v letech 1902/03, 1914/15, 1922/23 a 1931/32 zvolen děkanemodboru strojního inženýrství a ve studijním roce 1905/1906 zastával také funkci rektora školy. Rovněž působil jako stálý soudní znalec, mimořádný člen Patentního úřadu v Praze, rada Patentního soudu a autor mnoha odborných publikací.[5]
V roce 1936 nastoupil zdravotní dovolenou a roku 1937 odešel do důchodu. V prosinci roku 1940 Elger zemřel a následně byl pohřben v Lázních Bohdaneč.
Zdeněk Elger z Elgenfeldu vlastnil secesní dům v brněnské Pellicově ulici číslo 8, na němž je umístěna bronzová pamětní deska.[6]