Po ukončení profesionální kariéry založil vlastní fotbalovou mládežnickou akademii.[3]
Klubová kariéra
1. FC Košice
Svoji fotbalovou kariéru začal v klubu 1. FC Košice. Do prvního mužstva se probojoval v roce 1994. S Košicemi získal dvakrát ligový titul a zahrál si v základní skupině Ligy mistrů UEFA.[4]
Škoda Xanthi
V roce 2000 přestoupil do týmu Škoda Xanthi působícího v řecké nejvyšší soutěži. Strávil zde pouze jednu sezónu, Škoda Xanthi se po jejím skončení umístila na osmém místě ligové tabulky.
FK Austria Vídeň
V roce 2001 přestoupil do rakouského klubu Austria Vídeň za sumu 2 miliony dolarů, což byl tehdy přestupový rekord klubu. Během kariéry v Austrii dosáhl několika individuálních i týmových úspěchů, stal se např. Fotbalistou roku v Rakousku (2002) a získal dva ligové a tři pohárové triumfy.
FC Red Bull Salzburg
Po pěti letech přestoupil do konkurenčního rakouského celku Red Bull Salzburg, jenž vedla dvojice známých fotbalových osobností Giovanni Trapattoni a Lothar Matthäus. Salzburg měl ty nejvyšší ambice včetně postupu do Ligy mistrů. I zde vyhrál Janočko s mužstvem dvakrát ligový titul, ale postup do základní skupiny LM se nezdařil. Vladimír začal ztrácet ze zdravotních důvodů a i díky širokému kádru postupně místo v základní sestavě. Po zisku druhého titulu po sezóně 2008/09 se rozhodl neprodloužit smlouvu.
V zimní přestávce 2012/13 přestoupil Janočko z nižší rakouské fotbalové soutěže z celku FC Leopoldsdorf do východoslovenského klubu MFK Zemplín Michalovce působícího tou dobou ve druhé slovenské lize.[6] Zemplínu se nepodařil postup do 1. slovenské ligy a Vladimír oznámil 29. května 2014, že po posledním zápase v sezóně 2013/14 (31. května 2014) ukončí aktivní hráčskou kariéru[4], což se stalo.
↑ abcdefg Vladimír Janočko - Futbalista roka SR 2003 - vizitka. Profutbal.sk [online]. 2012-12-23 [cit. 2013-02-11]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2014-05-30.(slovensky)
↑ ab Martin Škrtel top futbalistom SR za rok 2011!. Aktuality.sk [online]. 2012-02-27 [cit. 2013-02-06]. Dostupné online.(slovensky)