Stal se i trenérem reprezentace Itálie v letech 2000 až 2004 se kterým se dostal na MS 2002 a na ME 2004. A v letech 2008 až 2013 byl trenérem reprezentace Irska se kterým se dostal na ME 2012.
V roce 2007 byl zařazen britským deníkem The Times na seznam padesáti nejlepších trenérů v historii fotbalu [3] a o šest let později americkou televizní stanicí ESPN do zvláštního žebříčku dvaceti nejlepších trenérů. V roce 2012 byl uveden do Síně slávy italského fotbalu v kategorii italských trenérů.
Po skončení trenéřiny se věnoval moderování zápasů LM pro sezónu 2015/16.
„Ich habe fertig“
V Německu je Giovanni Trapattoni znám zejména díky tiskové konferenci, která se konala 10. března 1998, dva dny po porážce 0:1 proti Schalke 04. Tam Trapattoni, v té době trenér Bayernu Mnichov, kritizoval velmi emocionálním způsobem výkon svých svěřenců. Dopouštěl se i mnoha gramatických chyb, čímž udělal svůj projev ještě vtipnějším. Kritizoval zejména Mehmeta Scholla a Maria Baslera a také častá zranění Thomase Strunze. Příjmení posledně jmenovaného má navíc v lombardštině, rodném jazyce Trapattoniho, vulgární význam.
Slovní spojení „Was erlauben Strunz“, „… ware’ schwach wie eine Flasche leer“ (česky „co dovolovat Strunz, byl slabý jako láhev prázdná“, tam jde mimo jiné o špatný slovosled) a zejména „Ich habe fertig.“ (česky „Já mít hotov“ místo „Já jsem hotov“ neboli skončil jsem) se dostala do běžného užívání v němčině a stala se tak okřídlenými slovy.