Velký alpský zlom vznikl, stejně jako pohoří Jižní Alpy které protíná, v období Kaikourské orogeneze přibližně před 25 milióny roků. Jedná se o asi 500 kilometrů dlouhý zlom oddělující vyšší severozápadní část ostrova včetně nejvyššího vrcholu Mount Cook, ležící na Australské desce, od nižší části jihovýchodní přináležející k Tichomořské desce; stýkají se zde svory a žuly. Tichomořská deska se podsunuje pod úhlem 40 stupňů pod desku Australskou (tzv. subdukce) čímž jsou Jižní Alpy vyzvedávány asi o 7 milimetrů za rok. Přitom dochází k výlevům magmatu což vytváří na Severním ostrově sopečnou zónu, pod Tichomořskou deskou na Jižním ostrově pak vznikají zemětřesení. Současně se Tichomořská deska také otáčí proti směru hodinových ručiček. V důsledku toho byly horniny podél zlomu posunuty o více než 500 kilometrů. Tento transformní zlom je velmi výrazným geomorfologickým útvarem – je dobře viditelný jako prasklina procházející krajinou ze Země i z vesmíru.
