Sidón byl osídlen již v dobách raného neolitu (6000–4000 př. n. l.). Byl jedním z nejstarších a nejdůležitějších fénických měst. Odtud a dalších levantských přístavů Féničané vybudovali své obchodní impérium. Homér se zmiňuje o umění zdejších výrobců skla a purpuru. Ze Sidónu také pocházeli kolonisté, kteří založili a osídlili Tyros, který se záhy stal mocným a bohatým přístavem, který se Sidónem neustále soupeřil s status metropole - fénického mateřského města.
Roku 1855 byl nalezen sarkofág krále Ešmunzara II., který je dnes umístěn v Louvru. Z fénických znaků na jeho víku byl rozluštěn nápis „Král Sidoňanů“, pocházející nejspíš z 5. století př. n. l., ale i další informace, že králova matka byla kněžkou Aštarte, „bohyně sidónské“. Nápisy také hovoří o bozích Ešmun a Ba'al, pán Sidónu (kteří mohou, ale nemusí být jedna a táž osoba), kteří jsou vykreslování jako hlavní sidónská božstva. Aštarte bývá nazývána Aštarte-Šem-Baal – což znamená Aštarte jméno Pána a tento titul byl nalezen i v ugaritských textech.
Když Sidón padl do rukou Římanů, začali zde razit své stříbrné mince. Za vlády Římanů bylo ve městě vybudováno divadlo a několik dalších monumentálních památek z této doby. Za vlády římského císaře Heliogabala zde byla založena římská kolonie, nesoucí jméno Colonia Aurelia Pia Sidon
Během nadvlády Východořímské, potažmo Byzantské říše zažil Sidón roku 551 obrovské zemětřesení, které zničilo většinu starých fénických měst a budov a to včetně Bejrútské právnické školy, která se poté uchýlila do Sidónu. Roku 636 bylo město dobyto Araby.
Poté, co roku 1948, po vyhlášení nezávislosti Státu Izrael následoval velký příliv palestinských Arabů do Libanonu, kteří přišli i do Sidónu, kde založili dva velké uprchlické tábory Ajn al-Hilweh a Mia Mia. Tábory vyrostly de facto v těsném sousedství města, ale mají svou vlastní samosprávu i politický status, který z nich dělá druh enklávy. V téže době město opustili zbývající Židé. V roce 1950 byl zprovozněn Transarabský ropovod, který do Sidónu přiváděl ropu ze Saúdské Arábie.
