Seznam škol a školských zařízení, která na území českobudějovické diecéze zřizuje či dozoruje římskokatolická církev.

• Církevní mateřská škola České Budějovice (zřizovatel: Kongregace sester Nejsvětější Svátosti)
• Církevní mateřská škola Pacov (zřizovatel: Biskupství českobudějovické)
• Církevní mateřská škola U sv. Josefa (České Budějovice, zřizovatel: Česká provincie Kongregace Školských sester de Notre Dame)

• Církevní základní škola (České Budějovice) (organizačně spojena s Biskupským gymnáziem, zřizovatel: Biskupství českobudějovické)
• Církevní základní škola ORBIS-PICTUS, spol. s.r.o. (Tábor, Římskokatolická farnost Tábor)

• Biskupské gymnázium J. N. Neumanna (organizačně spojeno se základní školou, zřizovatel: Biskupství českobudějovické)

• Teologická fakulta JU (vázána katolickou věroukou, dozoruje biskup českobudějovický)

• Domov mládeže Petrinum (Písek, zřizovatel: Kongregace bratří Nejsvětější Svátosti)
• Salesiánské středisko mládeže - dům dětí a mládeže České Budějovice (zřizovatel: Salesiáni Dona Bosca)
• Středisko volného času Pacov (při Církevní mateřské škole Pacov, zřizovatel: Biskupství českobudějovické)

• Biskupský seminář (fungoval v letech 1803-1950)