Byl vynikajícím pedagogem, který přednášel vždy zpaměti. Ve svých přednáškách a učebnicích organické chemie se věnoval alifatickým, alicyklickým a aromatickým sloučeninám. Organickou chemii vyučoval již před druhou světovou válkou a v roce 1946 byl jmenován jedním z prvních profesorů organické chemie.
Rudolf Lukeš se narodil 13. dubna 1897 v Kralupech nad Vltavou, kde jeho otec provozoval obchod s koloniálním zbožím. Roku 1906 se Lukešovi s Rudolfem a jeho starším bratrem Janem přestěhovali do Prahy. Zatímco Jan studoval na lékařské fakultě, Rudolf nastoupil na Karlínskou reálku. Byl nadaný na přírodní vědy a věnoval se studiu chemie a pokusům.
Po maturitě s vyznamenáním v roce 1914 se zapsal na technickou chemii Vysokého učení technického v Praze. Ve třetím semestru byl povolán do vojenské služby a odeslán na italskou frontu, kde se zdokonalil v italštině a ve volných chvílích studoval organickou chemii. Po válce pokračoval ve studiu a dokončil jej roku 1922 státní zkouškou s vyznamenáním. Již ve třetím ročníku studia pracoval v laboratoři Emila Votočka (1872–1950) a pod jeho vedením vypracoval doktorskou disertaci Studie o bromsubstituovaných aromatických hydrazinech. Po odchodu Emila Votočka do důchodu až do uzavření vysokých škol nacisty v roce 1939 přednášel organickou chemii.
Po uzavření vysokých škol během německé okupace pracoval Lukeš ve Spolku pro chemickou a hutní výrobu v Praze ve Vysočanech a současně připravoval učebnici organické chemie, kterou spolu s Emilem Votočkem vydali po válce.
V roce 1946 získal titul řádného profesora a v roce 1952 byl jmenován akademikem. Roku 1952 bylo pro něj zřízeno specializované pracoviště Laboratoř heterocyklických sloučenin Ústavu organické chemie a biochemie Akademie věd. Zde začal rozvíjet chemii monosacharidů a především alkaloidů.
V roce 1958 zasáhly do života vysokých škol a akademie politické prověrky, které způsobily odchod řady výzkumníků a pedagogů. Lukešova pracoviště byla velmi postižena odchodem šesti pedagogů z katedry ČVUT a dvou pracovníků z Laboratoře heterocyklických sloučenin. Lukeš to odnesl zdravotními následky, přesto stále přednášel a dál vedl vědeckou činnost obou svých pracovišť.
Jako pedagog byl Lukeš velmi populární a jeho přednášky na ČVUT byly velmi navštěvované. Pro výuku a přípravu ke zkouškám sepsal své přednášky do skript, kterých vyšlo celkem šest dílů. V posledním dílu byla chemii alkaloidů popsána inovativním způsobem na základě jejich biogeneze z aminokyselin. Se svými spolupracovníky připravoval podrobnou třídílnou učebnici organické chemie, ale podařilo se mu vydat pouze dva svazky. Tato učebnice splňovala vysoké vědecké požadavky, neboť všechny faktické údaje byly ověřeny v literatuře a opatřeny odkazy.
Výzkum
Rudolf Lukeš studoval reakce Grignardova činidla s laktamy a cyklickými imidy, které vedou ke ketokyselinám a heterocyklickým enaminům. V roce 1935 byl pomocí těchto reakcí připraven první syntetický alkaloid u nás N-methylkoniin a experimentálně ověřena biogeneze alkaloidů z aminokyselin. Jeho výzkum byl přerušen válkou, ale pokračoval v něm v padesátých letech v Laboratoři heterocyklických sloučeninČSAV.
Zabýval se i dalšími heterocyklickými sloučeninami (například pyridin a furan), monosacharidy a hlavně alkaloidy. Studoval konfigurace sedaminu, halostachinu, hygrinu a hygrolinu. Věnoval se i chemii adamantanu, který objevil jeho kolega Stanislav Landa v roce 1932. Domníval se, že by mohl existovat podobný tricyklický systém s úplným uhlíkatým skeletem C10H16. Na základě této úvahy navrhl Landovi strukturu jím objeveného adamantanu. Dále se pak věnoval azaadamantanům a se spolupracovníky provedl syntézy monoazaadamantanu a triazaadamantanu.
Měl mimořádné nadání pro experimenty a aparatury. Všechny aparatury, které navrhoval a používal, musely vyhovovat nejen funkčně, ale i esteticky. Byl velmi precizní a na jeho pracovištích bylo pravidlem každou novou reakci opakovat, dokud nebylo jisté, že je kdykoliv reprodukovatelná. Měl fenomenální paměť na chemikálie a pamatoval si původ, vzhled i umístění většiny chemikálií v laboratoři a skladu. Velmi podporoval své kolegy, aby se věnovali popisu svých prací a pedagogické činnosti. Vzniklo tak více než deset titulů zabývajících se organickou chemií.