Druhé předkolo Poháru UEFA bylo rozlosováno 3. srpna ve švýcarskémNyonu. K postupujícím z prvního předkola se připojilo dalších 27 klubů, včetně vítězné jedenáctky celků z Poháru Intertoto, a společně všichni bojovali o postup do prvního kola Poháru UEFA.
Ve druhém kole byly kluby 9. října2007 nalosovány do osmi pětičlenných skupin, ve kterých se střetly každý s každým pouze jednou tak, aby každý tým hrál dva zápasy doma a dva venku.