Hlavní hrdina, mladík Jim Hawkins, zjistí, že muž, jenž zemřel v hostinci jeho matky, je starý bukanýr Bill Bones, který svým bývalým druhům ukradl mapu nepojmenovaného ostrova, kde je zakopán poklad slavného pirátského kapitána Flinta. Jim mapu nalezne mezi věcmi mrtvého a ukáže ji zemanovi Trelawneyovi a lékaři (a zároveň smírčímu soudci) Liveseyovi. Oba muži pak zorganizují námořní výpravu na lodi Hispaniola za pokladem, které se Jim zúčastní jako stevard a plavčík.
Přes varování kapitána Smolletta najme Trelawney jednonohého kuchaře Johna Silvera, řečeného Dlouhý, a na jeho doporučení i značnou část posádky. Během plavby Jim zjistí, že John Silver je bývalý pirát a že většina námořníků na lodi patří k bývalé Flintově posádce. Stačí ještě upozornit své přátele na připravovanou vzpouru, která pak skutečně propukne.
Na Ostrově kostlivců pak probíhá krutý boj mezi Jimovými přáteli a vzbouřenci. Přestože vzbouřenců je několikrát víc než těch, co zůstali věrní kapitánovi a majiteli lodi, záhy se poměr sil vyrovná, protože piráti se vraždí i mezi sebou. Z pirátů je nadán inteligencí jediný Dlouhý John Silver, který má sice přirozené vůdcovské schopnosti, ale zvládnout chamtivé piráty je i nad jeho síly.
Jim na ostrově potkává pomateného Bena Gunna, který zde byl piráty vysazen před několika lety. Pak se mu dokonce podaří vymanit z moci pirátů Hispaniolu. Při návratu ke svým přátelům je ale zajat Johnem Silverem. Ten ho naštěstí ušetří a Jim se tak stane rukojmím a nedobrovolným účastníkem hledání pokladu. Piráti však nevědí, že poklad dávno vykopal Ben Gunn a že na místě označeném na mapě na ně již čekají Jimovi přátelé. John Silver je zajat, poklad přenesen na Hispaniolu a piráti (kromě Johna Silvera) jsou ponecháni svému osudu na ostrově. John Silver se pak z lodi ztratí v jednom z karibských přístavů.
