Nedaleko severovýchodně od Novaggia, na kopci „A Castéll“, se ve středověku nacházel malý hradní komplex, který je zmiňován od 13. do 15. století. Samotná obec je v listinách poprvé zmiňována jako Novizio v roce 1335.[2]
V roce 1922 otevřela Spolková vojenská pojišťovna v Novaggiu sanatorium pro vojenský personál trpící tuberkulózou. V roce 1952 bylo sanatorium přestavěno na nemocnici pro léčbu interních onemocnění a kloubních a zádových problémů. V letech 1989–1997 byla vojenská nemocnice rozšířena na specializovanou kliniku pro rehabilitaci pohybového aparátu, která je přístupná i civilním pacientům.[3]
Projekt sloučení obce se sousedními obcemi Astano, Bedigliora, Curio a Miglieglia do nové obce Medio Malcantone byl v roce 2004 po negativním hlasování v obcích zrušen.[4] Dne 26. listopadu 2023 byl v konzultativním referendu schválen návrh na sloučení se sousedními obcemi Astano, Bedigliora, Curio, a Miglieglia do nové obce Lema, čímž byla obnovena myšlenka, která byla před 20 lety zamítnuta.[5]
Novaggio se nachází na křižovatce silnic, které spojují obec s obcemi Astano, Curio, Miglieglia a Bedigliora. Dopravní obslužnost zajišťují linky postbusu.
