Sezóna 1999/00 byla 45. ročníkem Ligy mistrů UEFA a zároveň 8. ročníkem po přejmenování. Jejím vítězem se stal španělský klub Real Madrid.
Byl změněn hrací systém. Bylo přidáno jedno předkolo. V základních skupinách bylo následně 32 týmů rozlosováno do osmi skupin po čtyřech. Následně bylo 16 postupujících rozlosováno do čtyř skupin po čtyřech. Dále následovalo klasické play off.
Poražené týmy vstupovaly do 1. kola Poháru UEFA.