Kvalifikace na Africký pohár národů 2013 určila zbylých 15 účastníků závěrečného turnaje. Pořádající Jihoafrická republika měla účast jistou bez nutnosti hrát kvalifikaci. Vzhledem k tomu, že se měl tento šampionát konat rok po předchozím (kvůli přechodu na pořádání mistrovství v liché roky), byla kvalifikace hrána vyřazovacím systémem doma a venku se třemi fázemi (předkolo, první a druhé kolo).

Kvalifikace se zúčastnilo 46 členských zemí CAF. Čtveřice nejníže nasazených týmů v žebříčku CAF se účastnila předkola. V prvním kole se dva vítězové předkola přidali k 26 týmům, které nepostoupily na Africký pohár národů 2012. Celkem 14 vítězů prvního kola a 16 přímo nasazených (bylo sem přímo nasazeno 16 účastníků Afrického poháru národů 2012) se ve druhém kole utkalo o zbylých 15 místenek na závěrečném turnaji.

Hráno 15. a 22. ledna 2012.

Domácí v 1. zápase	Celkem	Hosté v 1. zápase	1. zápas	2. zápas
Seychely	kont.1	Svazijsko	—	—
Svatý Tomáš a Princův ostrov	1:0	Lesotho	1:0	0:0

¹ Svazijsko se z finančních důvodů vzdalo účasti.

Úvodní zápasy 29. února, odvety v termínu od 15. do 17. června 2012. Úvodní zápas Egypta byl přeložen až na 30. června.

Domácí v 1. zápase	Celkem	Hosté v 1. zápase	1. zápas	2. zápas
Etiopie	1:1 (v)	Benin	0:0	1:1
Rwanda	0:2	Nigérie	0:0	0:2
Konžská republika	3:5	Uganda	3:1	0:4
Burundi	2:2 (v)	Zimbabwe	2:1	0:1
Gambie	2:6	Alžírsko	1:2	1:4
Keňa	2:2 (v)	Togo	2:1	0:1
Svatý Tomáš a Princův ostrov	4:5	Sierra Leone	2:1	2:4
Guinea-Bissau	0:2	Kamerun	0:1	0:1
Čad	3:4	Malawi	3:2	0:2
Seychely	0:7	DR Kongo	0:4	0:3
Tanzanie	2:2 (6:7 pen.)	Mosambik	1:1	1:1
Egypt	3:4	Středoafrická republika	2:3	1:1
Madagaskar	1:7	Kapverdy	0:4	1:3
Libérie	1:0	Namibie	1:0	0:0

Úvodní zápasy v termínu od 7. do 9. září, odvety v termínu od 12. do 14. října 2012. Vítězové jednotlivých dvojzápasů postoupili na Africký pohár národů 2013.

Domácí v 1. zápase	Celkem	Hosté v 1. zápase	1. zápas	2. zápas
Mali	7:1	Botswana	3:0	4:1
Zimbabwe	3:3 (v)	Angola	3:1	0:2
Ghana	3:0	Malawi	2:0	1:0
Libérie	3:8	Nigérie	2:2	1:6
Zambie	1:1 (9:8 pen.)	Uganda	1:0	0:1
Kapverdy	3:2	Kamerun	2:0	1:2
Mosambik	2:4	Maroko	2:0	0:4
Sierra Leone	2:2 (v)	Tunisko	2:2	0:0
Guinea	1:2	Niger	1:0	0:2
Súdán	5:5 (v)	Etiopie	5:3	0:2
Libye	0:3	Alžírsko	0:1	0:2
Pobřeží slonoviny	6:2	Senegal	4:2	2:0
DR Kongo	5:2	Rovníková Guinea	4:0	1:2
Gabon	2:3	Togo	1:1	1:2
Středoafrická republika	2:3	Burkina Faso	1:0	1:3

V tomto článku byl použit překlad textu z článku 2013 Africa Cup of Nations qualification na anglické Wikipedii.

• (anglicky) Oficiální web