Původní stavbu kostela nechal vybudovat před rokem 1458 Beneš z Vartenberka.[2] V roce 1550 nechal tehdejší vlastník Zákup a okolí Zdislav Berka z rodu Berků z Dubé zahájit stavbu nového kostela na místě, kde stával původní z poloviny 15. století. Někdy je tedy uváděno u stávající stavby stáří kostela původního a rok 1550 jako začátek úplné přestavby.[3] Nová stavba trvala 10 let a Zdislav se dostavby nedočkal, protože podlehl moru v roce 1553. Mor také způsobil přerušení stavby, protože zemřela značná část zdejších obyvatel. Nástupcem Zdislava se stal syn otcova bratrance Zbyněk Berka.[4] který byl nejvyšším komořímKrálovství českého a pobýval často v Praze. V roce 1560 byl kostel dostavěn včetně krypty, kde byl Zbyněk Berka později pohřben. V roce 1562 v něm byly zavěšeny zvony, poté byl předán do užívání a vysvěcen. Prvním farářem se stal Pavel Weiss.[5]
Kostel byl přestavěn v novogotickém slohu v roce 1863, v době, kdy v Zákupech pobýval excísař Ferdinand I.[6]
V době první světové války byly z nařízení z Vídně 28. srpna 1916 sejmuty kostelní zvony a odeslány k zrekvírování pro válečné účely.[7]
Jednolodní stavba má pětiboký presbytář s patrovými přístavky, na jižní straně obdélníkovou sakristii a oratoř. Průčelí je vysoké barokní a členěno lizénami. Kostelní věž je hranolovitá, v jejím přízemí je sakristie a v patře oratoř. Loď kostela má strop završený trojdílnou valenou klenbou. Vnitřní zařízení je v novogotickém slohu. Nejcennější jsou sochy dvou světců a obraz Nebeské Trojice, vše z poloviny 18. století. Je zde i krypta, kde je pohřbeno 23 příslušníků rodu Berků a v roce 1741 také toskánská velkovévodkyněAnna Marie Františka se svým prvním manželem. Za hlavním oltářem jsou na zdi mramorové náhrobky Zbyňka Berky († 6. března 1578), jeho manželky Veroniky z Lobkovic († 30. prosince 1578) a jejich mnoha synů a dcer.[8]. Vpravo od mariánského oltáře je kamenný reliéf Aliny Chvalkovské s datem 1578. Na střeše byl instalován železný kříž s letopočtem 1560. V kostele je uložena relikviesv. Felixe, získané velkovévodkyní od papeže.[3] V noci pěkně nasvícený kostel má hlavní vchod odvrácený od Mimoňské ulice, orientovaný dozadu k městskému hřbitovu.
Současný stav kostela
Kostel je zapsán od roku 1958 v celostátním seznamu kulturních památek pod číslem 46904/5-3434.
V roce 2012 na několika místech poškozenou střechou do děkanského kostela zatékalo a zařízení ničila dřevomorka domácí. Nebyla funkční kanalizace, takže je ničena i rodinná hrobka Berků. Na záchranu stavby poskytlo v roce 2012 částku 200 000 Kč město Česká Lípa.[9] Kvůli padající omítce byl v roce 2013 ke vchodu vybudován za pomoci města Zákupy provizorní dřevěný tunel. K záchraně je nutné sehnat částku 35 milionů.[10] V roce 2019 probíhala oprava střechy a fasády od jižní strany.
Farnost Zákupy
Farář v Zákupech psal od roku 1566 kroniku a v ní zapsal i události od roku 1458. Další farní pamětní kniha byla v Zákupech psána od roku 1723. Po přestěhování z Brenné psal zdejší kroniku i farář Josef Richter. K psaní kronik a pamětních knih vydala litoměřickábiskupská konzistoř metodické materiály (oběžníky) v letech 1795 a 1827. Některé knihy byly uloženy ve Státním okresním archivu v České Lípě v letech 1958–1961.[11]
Budova zákupské fary je v sousedství kostela, rovněž v Mimoňské ulici. Bohoslužby jsou slouženy pravidelně o nedělích a církevních svátcích. V kostele bývají pořádány ojediněle i koncerty, zpravidla v období adventu a někdy také při Zákupských slavnostech.
Před portálem kostela, u vstupu na hřbitov, je tabulka s nápisem tohoto znění: „V kryptě kostela je pohřbeno 23 příslušníků rodu Berků a velkovévodkyně Anna Marie Františka z Toskány s manželem. U hlavního oltáře jsou mramorové náhrobky Zbyňka Berky, jeho paní a synů. U mariánského oltáře je kamenný reliéf paní Aliny Chvalkovské s českým nápisem z roku 1578.“
↑ abNoc kostelů. [s.l.]: Biskupství litoměřické, 2013. Kapitola Zákupy, kostel sv.Fabiána a Šebestiána, s. 73.
↑ abŠIMEK MGR, Jiří; RYDYGR ING, Zdeněk; KIRSCHNER, Bernard. Zákupy a okolí na starých pohlednicích. Hostivice: Mgr Petr Prášil, 2010. ISBN978-80-86914-01-5. S. 7.
↑AULOVÁ, Martina; ASCHENBRENNER, Martin. Ke genealogii Zákupských Berků. Bezděz , vlastivědný sborník Českolipska. Česká Lípa: Vlastivědný spolek Českolipska, 2004, s. 277. ISSN1211-9172.
↑ŠIMEK, Jiří. Povídání o Zákupech. Zákupy: Město Zákupy, 2004. ISBN80-239-4495-9. Kapitola Od husitství k třicetileté válce, s. 27.
↑farníci. Aktualita z farnosti. Zákupský zpravodaj. Srpen 2012, roč. 26, čís. 8, s. 11.
↑Michael Polák. Zákupy: kostel chátrá. Potřeboval by přes třicet milionů korun. Českolipský deník [online]. 2013-02-27 [cit. 2013-02-28]. Dostupné online.
↑JAROLÍMKOVÁ, Jaroslava; SOVADINA, Miloslav. Bezděz. Vlastivědný sborník Českolipska. Česká Lípa: Vlastivědný spolek Českolipsko, 2005, s. 241. ISSN1211-9172. ISBN80-86319-08-3.