Trutnovskou faru obsluhovali až do roku 1521řádoví bratři zderavského kláštera v Nise. V předhusitské době se zde připomíná knihovna s 50 latinskými rukopisnými knihami. Roku 1421, kdy byl Trutnov dobyt husity, byly knihy s bohoslužebným náčiním převezeny do slezské Nisy.
Roku 1505 prošel kostel přestavbou. V roce 1508 byl v kostele postaven oltář svatého Vavřince (po 74 letech byl oltář prodán). Roku 1521 byla dostavěna špice kostelní věže, zakončená měděnou pozlacenou hlavicí s hvězdou a andělem.
Barokní období
V průběhu 2. slezské války původní gotický kostel zcela vyhořel. Současná podoba v pozdně barokním slohu s prvky klasicistními a rokokovými vznikala v z letech 1756–1782 podle návrhu Leopolda Niedereckera. Je charakteristická svou 63 m vysokou věží s cibulovitým zakončením. Ve spodní části této věže se nachází hlavní vchod. Interiér tvoří klasicistní hala. Do prostoru mezi mohutnými pilíři jsou umístěny boční oltáře. Hlavní oltář je z roku 1784. Oltář zachycuje narození Panny Marie a zdobí jej sochy apoštolů sv. Petra a sv. Pavla a čtyř církevních otců sv. Řehoře, sv. Ambrože, sv. Augustina a sv. Jeronýma. Nynější varhany z roku 1910 jsou dílem Jindřicha Schiffnera z Prahy a mají 3000 píšťal. Nynější zvony byly na věž vyzdviženy 30. srpna1991 a nesou označení Maria (850 kg), Václav (320 kg), Ludmila (220 kg) a Josef (65 kg) a opraven byl i starý zvon Vojtěch.