Rasismus a antisemitismus byly oficiální politikou nacistického Německa. Židovská otázka bylo označení pro rasovou očistuněmeckého národa od Židů. To se dělo nejdříve prostřednictvím rasové diskriminace a segregace, ke kterým určily právní rámec Norimberské zákony z roku 1935. Komplikovaná byla otázka, jak určit, kdo je Žid. Na základě dekretu se podle předků rozlišovaly dvě kategorie, Žid a židovský míšenec (Mischling), pro zařazení hrála roli i náboženská příslušnost, protože tzv. vědecký rasismus neposkytoval nástroje pro rozlišení rasy na čistě biologickém základě.
Německým cílem bylo úplné zbavení německého a evropského území židovského obyvatelstva. Emigrace Židů z nacistického Německa nebylo dostatečným řešením, uvažovalo se proto o nucených deportacích do zámoří, zejména plán na vysídlení Židů na Madagaskar z roku 1940. Tyto plány však komplikovalo propuknutí války.
Počátky masového zabíjení
Masové vraždění v zájmu čistoty rasy, tzv. eugeniky, použili nacisté nejdříve v Akci T4, tajném programu, ve kterém byly od roku 1939 systematicky pozabíjeny desítky tisíc lidí s postižením. V rámci programu bylo také rozvinuto užívání plynových komor, ve kterých se zabíjelo oxidem uhelnatým.
Masové zabíjení Židů nacisty začalo již v průběhu roku 1941. Po napadení Sovětského svazu v červnu to bylo působení speciálních jednotek Einsatzgruppen na dobytém území, v prosinci byl uveden do provozu vyhlazovací tábor Chełmno, první tábor určený k systematickému vyvražďování, další se budoval v Belžecu.
Wannsee a systematická genocida
Ujednání o konečném řešení židovské otázky pozabíjením milionů lidí bylo dosaženo 20. ledna1942 na konferenci ve Wannsee, která byla setkáním vysokých představitelů nacistického Německa a předsedal jí Reinhard Heydrich. V roce 1947 byla Spojenci nalezena v jednom z říšských ministerstev kopie zápisků pořízených na konferenci, které jsou jediným důkazem o konání, průběhu i závěrech konference. Stalo se tak však až po Norimberském procesu, kde tedy nemohly sloužit jako důkaz.