Karel Emanuel se 24. října 1797 v Turíně oženil s Marií Kristýnou Saskou, dcerou Karla Saského, vévody kuronského, který byl synem krále polského a saského kurfiřtaAugusta III.. Manželství Karla Emanuela s Marií Kristýnou trvalo jen tři roky a vzešly z něho dvě děti.