Ju 287 byl projekt bombardéru, který by byl rychlejší než kterákoli spojenecká stíhačka. Dopředu ubíhající křídla byla nápad hlavního designéra projektu, Dr. Hanse Wockeho a měla zajistit dosažení velké výšky při nižších rychlostech, protože spolehlivost tehdejších proudových motorů byla nízká a letadla byla při vzletu a přistávání zranitelná. Ministerstvo letectví pověřilo firmu Junkers vývojem takového stroje již v roce 1943.
Testy zahájil 16. srpna 1944 Flugkapitän Siegfried Holzbauer na letišti Brandis u Lipska kde se ukázalo, že Ju 287 V1 (RS+RA) se skvěle ovládá, ale objevily se také problémy s křídlem. Pro usnadnění vzletu se používaly dva pomocné raketové motory Walter HWK-501 s tahem po 11,8 kN, odhazované po dohoření na padáku. Byly zavěšovány pod křídlovými motorovými gondolami. Pro zkrácení dojezdu se používal stuhový brzdicí padák na zádi trupu. Testy také ukázaly, že by se mohlo těžit z umístění několika motorů pod křídlo a proto se u dalších prototypů plánovalo sloučení několika pohonných jednotek Heinkel HeS 011. Protože při vývoji těchto motorů nastaly problémy, bylo rozhodnuto o instalaci motorů BMW 003A-1.
Prototypy Ju 287 V2 a Ju 287 V3 měly mít šest takových motorů (tři pod každou polovinou křídla), pozdější prototypy měli mít pod každým křídlem dva a dva při trupu, podobně jako u prvního prototypu. Stavěný letoun V2 měl již trup převzat ze stroje Junkers Ju 388 a zatahovací podvozek. Třetí prototyp měl být výzbrojen dálkově ovládaným dvojkulometem MG 131ráže 13 mm a sloužit jako podklad pro sériovou výrobu.
V roce 1945 byl Ju 287 V1 přemístěn do Erprobungsstelle Rechlin, kde však byl brzy nato při náletu spojeneckých bombardérů těžce poškozen. V závěru války byl ukořistěn Američany.[2]
Ještě před dokončením prototypů V2 a V3 byla továrna Junkers u Lipska, kde se pokračovalo ve stavbě, obsazená Sověty a spolu se všemi letadly bylo odvezeno do SSSR. Tam byl druhý prototyp dokončen v závodech v Podberezje a poprvé vzlétl s Flugkapitänem Dülgenem 23. května1947, ale v té době již vývoj Ju 287 předstihl. Podstatně zvětšená verze tohoto stroje, OKB-1 EF 140, byla testována v roce 1949, ale od projektu bylo upuštěno.