Jako nizozemský guvernér, kterým byl v letech 1656–1659, se neosvědčil, neboť za jeho vlády přišlo Španělsko o část Nizozemí, kterého se zmocnila Francie. Porážku utrpěl také při snaze o získání moci Španělů v Portugalsku v letech 1662–1663. Ctižádostivý Jan Josef chtěl využít své oblíbenosti mezi lidem a žádal krále, aby byl prohlášen následníkem trůnu, což Filip roku 1663 zamítl.[2]
V roce 1665 se i přes otcovu nevoli oženil se svou nevlastní sestrou Markétou Marií. Byl otcem tří dcer, které se staly řádovými sestrami.
Regent
Po Filipově smrti roku 1665 se Jan Josef pokoušel získat regentství za bratra Karla II., ale byl královnou vdovou a jejím zpovědníkem Nithardem vypovězen ze dvora. O tři roky později byl za jeho přispění páter Nithard sesazen, nicméně regentské vlády se Jan Josef ujal až dva roky před smrtí, roku 1677, kdy se mu podařilo se svým vojskem dobýt Madrid a donutit královnu i s novým favoritem Valenzuelou opustit dvůr.[3] Následující rok byl podepsán Nijmegenský mír, jehož důsledkem byla ztráta části španělského Nizozemí a burgundského hrabství. Země se navíc zmítala v hospodářské i sociální krizi, kterou nikdo neřešil.