V noci z 13. na 14. dubna 1950 byl spolu s ostatními spolubratry salesiány v rámci Akce K, která byla organizována Státní bezpečností, zatčen a odvezen do internačního tábora pro řeholníky v Oseku u Duchcova. 28. září1950 byl přemístěn do internace v Hájku u Prahy a 15. ledna1951 na Klíčavu u Zbečna, kde byl nakrátko zařazen k PTP a odkud byl 9. května1951 propuštěn na svobodu. Vystudoval pražskou Vyšší hudebně-pedagogickou školu. Musel však ještě absolvovat řádnou vojenskou službu v Dubnici nad Váhom. Po jejím skončení, namísto propuštění do civilu, byl zatčen a odsouzen k trestu 18 měsíců nepodmíněně za „protistátní činnost v ilegálním salesiánském řádu“.
Sekretář kardinála Trochty
Setkání mládeže před litoměřickou katedrálou (cca 1969–1970), uprostřed v dolní řadě s hodinkami na ruce v podřepu Josef Pekárek, vpravo stojí kněz v klerice Josef Knödl
Po propuštění 11. června1959 se vrátil k rodičům do Kvítkovic. Pracoval v dělnických zaměstnáních v Moravanu Otrokovice a později ve Svitu Otrokovice. Při práci pokračoval ve studiu teologie. Kněžskésvěcení přijal tajně 28. září1965 z rukou biskupaŠtěpána Trochty v jeho pražském bytě. Již jako kněz, o kterém to však jeho okolí nevědělo, dělal varhaníka a sbormistra ve zlínském kostele v letech 1967-1968. Teprve v létě 1968 mohl toto tajemství zveřejnit. V době pražského jara 1968 si ho biskupTrochta vyvolil jako jednoho ze svých čtyř sekretářů. Působil u něho v Litoměřicích až do Trochtovy smrti v roce 1974. V Litoměřicích založil společenství mladých lidí, které se koncentrovalo v kostele v blízkých Žitenicích. KardinálŠtěpán Trochta mu v těchto aktivitách nechával „volnou ruku“, takže s pomocí těchto mladých lidí Pekárek žitenický kostel také opravil.
