V soubojích fotbalové II. třídy okresu České Budějovice 2003/2004, jedné ze skupin 8. nejvyšší fotbalové soutěže, se utkalo 14 týmů dvoukolovým systémem podzim – jaro. Tento ročník skončil v červnu 2004. Postup do I. B třídy Jihočeského kraje 2004/2005 si zajistil vítězný tým TJ Sokol Římov, do III. třídy okresu České Budějovice 2004/2005 sestoupil poslední tým TJ Sokol Lipí.
Poznámky: