V soubojích fotbalové II. třídy okresu Chomutov 2003/2004, jedné ze skupin 8. nejvyšší fotbalové soutěže, se utkalo 14 týmů dvoukolovým systémem podzim – jaro. Tento ročník skončil v červnu 2004. Postup si zajistily první tři týmy TJ Sokol Vilémov, SK Málkov a 1. SK Jirkov, nikdo nesestoupil, soutěž byla v následujícím ročníku rozšířena na 16 týmů.
Z = Odehrané zápasy; V = Vítězství; R = Remízy; P = Prohry; VG = Vstřelené góly; OG = Obdržené góly; B = Body; (S) = Mužstvo sestoupivší z vyšší soutěže; (N) = Mužstvo postoupivší z nižší soutěže (nováček)