V soubojích fotbalové II. třídy okresu Český Krumlov 2003/2004, jedné ze skupin 8. nejvyšší fotbalové soutěže, se utkalo 12 týmů dvoukolovým systémem podzim – jaro. Tento ročník skončil v červnu 2004. Postup do I. B třídy Jihočeského kraje 2004/2005 si zajistil vítězný tým Sokol Křemže, do III. třídy okresu Český Krumlov 2004/2005 sestoupil poslední tým TJ Smrčina Horní Planá „B“.
Poznámky: