Narodil se v Méré (dnešní departementEure) jako syn obchodníka a zemědělce (nikoli advokáta, jak se někdy uvádí). Do svých jedenácti let neuměl číst a ve třinácti osiřel. V sedmnácti odešel do Paříže studovat medicínu a v roce 1744 získal doktorát. Svou lékařskou praxi začal v Mantes, ale v roce 1749 se ve Versailles stává osobním lékařem Madame de Pompadour, milenky francouzského krále Ludvíka XV. Vyléčil následníka trůnu z neštovic a byl povýšen do šlechtického stavu.
Oženil se v roce 1718, měl dvě děti – syna a dceru.
Ekonomická tabulka
Ekonomická tabulka (1758) se stala základním dílem pro fyziokratickou ekonomickou teorii. Lékař Quesnay se při její tvorbě nechal inspirovat krevním koloběhem.
Podle fyziokratů čistý produkt (produit net; produkt, kde hodnota výstupu je vyšší než vstupu) vzniká jedině v zemědělství. V jiných oborech se produkt pouze mění nebo přemisťuje. Quesnay tedy rozděluje společnost na tři třídy:
produktivní třída – zemědělci; jen tato třída poskytuje čistý produkt
třída vlastníku – vlastníci půdy
sterilní třída – obchodníci a řemeslníci
V Ekonomické tabulce popsal, jak mezi těmito třídami během roku proudí zboží a peníze. Tabulka se stala inspirací pro Marxův model reprodukce nebo Leontiefův model input-output.