Mladé zpěvačce Christině Daaé, která zpívá v pařížskéOpeře ve sboru, se jednoho dne ozve krásný, nadpozemský hlas, jehož tajemného nositele Christina považuje za Anděla hudby, o kterém ji vyprávěl její otec. Ve skutečnosti je to však Erik, psychicky narušený a fyzicky znetvořený génius, který žije v katakombách pod Operou a je nazýván fantomem Opery. Erik Christinu miluje a dává jí každý večer hodiny hudby a zpěvu. Christinu však miluje rovněž její starý přítel z dětství vikomt Raoul de Chagny, kterému Christina o tajemném hlase vypráví.
V řízení Opery dochází k velkým změnám a na slavnostním večírku, uspořádaném při příležitosti odchodu starého vedení, získá Christina díky svému zpěvu velký obdiv. Přesto je proti Erikovu výslovnému přání do role Markétky v GounodověopeřeFaust obsazena primadona Carlotta. Ta přes Erikovo varování roli přijme. Ve třetím jednání však začne vydávat místo zpěvu jakési zvuky, podobné žabímu kvákání, a vzápětí se do hlediště mezi diváky zřítí obrovský lustr.
Poté Erik Christinu unese do podzemí a doufá, že ho bude milovat. Odhalí jí také tajemství Carlottina selhání. Kvákavý zvuk vydal ve skutečnosti Erik, který je břichomluvec a jehož hlas se ozve tam, kde on chce. Před Christinou vystupuje v masce, ale dívka náhodou zahlédne jeho skutečnou tvář, podobnou tváři hnijící mrtvoly. Erik Christinu propustí, ale jen pod podmínkou, že bude nosit jeho prsten a že mu bude věrná.
Při milostné schůzce s Raoulem na střeše Opery, kde mu o všem řekne, aniž tuší, že je Erik poslouchá, navíc ztratí jeho prsten. Rozhodne se, že s Raoulem prchne. Láskou šílený Erik pak Christinu unese uprostřed představení Fausta do svého podzemního paláce a chce, aby byla navždy jenom jeho. V případě, že jej odmítne, hrozí, že zničí výbušninami celou Operu.
Raoul se snaží Christinu zachránit. Pomáhá mu přitom tajemný muž z Erikovy minulosti, známý jako Peršan. S jeho pomocí se Raoul proplete labyrintem podzemí Opery, ale oba nakonec skončí v Erikově mučírně. Byla to místnost ve tvaru pravidelného šestistěnu celá vyložená zrcadly. Důmyslný systém elektrického vytápění umožňoval Erikovi měnit teplotu stěn dle potřeby. Zrcadla se mohla naklánět a z různých úhlů zobrazovat jediný předmět v místnosti, kterým byl železný strom s provazem, na kterém se mohl mučený člověk oběsit.
V mučírně se tak před očima obou mužů objeví nekonečný a neprostupný železný les a zároveň v místnosti nastane palčivé horko. Oba trápí nesnesitelná žízeň a zvláště Raoulovi se zdá, že ztrácí rozum. Pak se Peršanovi podaří objevit pružinu, která jim otevře cestu do Erikova sklepa. Zde najdou sudy, ale místo vína je v nich střelný prach pro vyhození Opery do vzduchu. Christina proto souhlasí, že se stane Erikovou ženou, a na jeho pokyn spustí vodu, pocházející z podzemního jezera, která má sudy zatopit. Zároveň s nimi se má však zatopit i mučírna s Raoulem a Peršanem. Když Christina Erikovi řekne, že se chtěla poté, co se stane jeho ženou, zabít, ale že to neudělá, Erik Raoula i Peršana zachrání a propustí je. Propustí i Christinu, která jej na rozloučenou jako první žena na světě políbí (ani matka Erika pro jeho znetvoření nikdy nepolíbila). Christina musí však Erikovi slíbit, že až do jeho smrti bude nosit jeho prsten, který Erik našel, a že jej v podzemí pochová i s tím prstenem.
Mrtev je však nalezen starší Raoulův bratr hrabě Filip de Chagny, který se do podzemí vydal oba mladé lidi hledat, a nešťastnou náhodou se utopil v podzemním jezeře.
Tři týdny po této události Erik žalem zemře a Christina splní svůj slib. Vrátí mu prsten a pochová jej. Jeho kostra je pak nalezena při výkopových pracích v podzemí Opery.
V závěru románu se z vyprávění Peršana dozvíme podrobnosti o Erikově životě. Erik byl synem tesaře. Záhy utekl z domova, kde jeho ošklivost vyvolávala v rodičích hrůzu, a nejprve se předváděl na poutích jako „živá mrtvola“. Když se u cikánů „vyučil“ artistou a kouzelníkem, začal vystupovat na jarmarcích po celé Evropě. Měl také nádherný hlas. Pak se projevila jeho genialita. Vstoupil do služeb perskéhošacha a postavil pro něho takový palác, že jej chtěl šach nechat zabít, aby již nikde jinde nemohl podobný postavit. Tímto úkolem byl pověřen právě Peršan, který byl v té době perským policejním důstojníkem. Z vděčnosti za služby, které mu předtím Erik prokázal, mu pomohl k útěku. Podvrhl sice Erikovu mrtvolu, ale stejně musel za trest odejít do exilu do Paříže.
Erik prchl z Persie do Cařihradu a vstoupil do služeb tureckéhosultána. I pro něho vytvořil tak úžasné věci (zvláštní padací dveře, tajné komnaty, ohnivzdorné pokladny), že musel z obavy o svůj život opět uprchnout, tentokrát do Paříže. Zde si založil stavební firmu a podílel se na pracích při kladení základů Opery. To jej přivedlo k tomu, že si v podzemí vytvořil tajný palác, ke kterému vedla cesta jen přes podzemní jezero a ve kterém se chtěl ukrýt před lidmi. Tak se stal fantomem Opery.
Frederick Forsyth: The Phantom of Manhattan (1999, Fantom Manhattanu), pokračování Lerouxova románu, ve kterém je Erik stále naživu a snaží se přilákat Christinu, slavnou a uznávanou operní pěvkyni, do New Yorku, aby zpívala hlavní roli v opeře, kterou sám zkomponoval.
↑ Yeston and Kopit's Phantom: The American Musical Sensation. plays.about.com [online]. [cit. 2013-09-26]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2013-09-28.
