Narodil se v rodině velkoobchodníka s papírem. Přes přání otce nešel studovat obchodní akademii, ale studoval nejprve pražskou techniku, poté dva roky barvířskou školu ve francouzských Mylhúzách. V Mylhúzách vynalezl tzv. Votočkovo činidlo, které se využívá v analytické chemii k důkazu siřičitanů v roztoku. Odtud odešel na univerzitu v Göttingenu, kde u profesora Bernharda Tollense studoval chemii cukrů. Tomuto odvětví se pak věnoval téměř celý život.
V roce 1895 se stal asistentem na pražské technice, v roce 1905docentem a od roku 1907 do roku 1939 (kdy nacisté uzavřeli české vysoké školy) byl profesorem experimentální anorganické a organické chemie. V letech 1921–1922 působil jako rektorČVUT. V roce 1929 spolu s Jaroslavem Heyrovským založil mezinárodní časopis Collection of Czechoslovak Chemical Communications, ve kterém jsou publikovány vědecké práce českých a slovenských chemiků. Vychoval řadu vědeckých pracovníků, kteří si získali světové uznání. Mezi jeho žáky patřili například Rudolf Lukeš a Otto Wichterle.
S podporou Evropské unie vznikl při Fakultě chemické technologie VŠCHTNadační fond Emila Votočka, zaměřený na podporu studentů magisterského a doktorského studia v oblastech garantovaných touto fakultou, na podporu dalších forem studijních a badatelských aktivit studentů, tuzemské a zahraniční praxe a případně k nákupu speciálních učebních nebo vědeckých pomůcek.
Dílo
Světového uznání dosáhl svými pracemi v oblasti chemie cukrů. Objevil několik nových cukrů a stanovil názvosloví pro metylpentózy, které bylo přijato mezinárodně. V analytické chemii vypracoval novou metodu merkurimetrického stanovení halogenů. Zasloužil se i o rozvoj chemické přístrojové techniky.
Společně s Alexandrem Sommerem Baťkem se podílel na tvorbě českého chemického názvosloví. Toto názvosloví je považováno za nejdokonalejší a nejdůmyslnější chemické názvosloví v národním jazyce vůbec. Sepsal Šestijazyčný chemický slovník a učebnice Chemie anorganická a Chemie organická, které byly používány řadu desetiletí. Byl také poradcem autorů devítisvazkového Příručního slovníku jazyka českého (1935–1957), dosud (2019) největšího výkladového slovníku češtiny, pro oblast chemie.[2]
Mezi jeho osobní záliby patřila klasická hudba. Hrál na několik hudebních nástrojů a soukromě studoval skladbu u Františka Spilky. Sestavil obsáhlý Hudební slovník cizích výrazů a rčení (1946). Složil na 70 hudebních děl, převážně komorního charakteru (písní a skladeb pro klavír a malé soubory). Mezi významnější díla patří: