Nejstarší slovanské osídlení oblastí dnešní Prahy se soustřeďovalo v oblasti dnešního Veleslavína někdy kolem 6. století, během dalších dvou set let vznikla další hradiště v současné západní polovině města. Po osídlení oblasti dnešního Pražského hradu však hradiště rychle ztratila svůj význam.
Hradiště
Již v roce 885 na Pražském hradě vznikl první kostel, zasvěcen byl Panně Marii. Jednalo se o jeden z nejstarších kostelů v Čechách vůbec; jen dva roky před ním nechal Bořivoj postavit na Levém Hradci kostel sv. Klimenta.
Roku 895 následovalo po Svatoplukově smrti odtržení od Velké Moravy, byla uzavřena vazalská dohoda Spytihněva I. s východofranským králem Arnulfem Korutanským na ochranu před Uhry. Následovalo otevření karolinské kultuře a zavedení latinské liturgie. Vliv Byzantské říše od této doby začal rychle upadat.
Z 10. století je již doložena obchodnická osada v oblasti dnešní Malé Strany, roku 926 je vybudována rotunda sv. Víta na Pražském hradě, kam jsou následně o dalších 12 let později uloženy ostatky vévody sv. Václava. V druhé polovině téhož století je založen i Vyšehrad. Roste vliv křesťanství; od roku 973 sídlí v Praze i biskupství pražské (Pragensis),[1] spadající pod mohučské arcibiskupství, prvním biskupem saský mnichDětmar. Začínají se budovat první kláštery (břevnovský klášter, jiřský klášter). V kotlině pod hradem se postupně začínají osady rozrůstat a spojovat v jedno velké město. Z roku 965 se dochovalo první písemné svědectví arabsko-židovského kupce Ibráhíma ibn Jákúba o Praze (jako Fragha/Bragha/al Phraga či Baraga/Paraga)[2] jako o bohatém obchodním městě (středisku obchodu s otroky) z kamene a vápna.
Od roku 995 se Praha stala jediným sídlem českého knížectví, poté co byli vyvražděni Slavníkovci, jako poslední z rodů, vládnoucích českému území. Veškerou moc tak získal rod Přemyslovců. Od začátku 11. století existovala již latinská škola, v druhé polovině téhož století již byly Čechy královstvím, se sídlem právě na Pražském hradě. Přesto svůj královský titul získal panovník Čech definitivně teprve až na začátku 13. století, takže královským městem Praha nebyla nadlouho.
Roku 1230 též Staré Město, po spojení několika menších obcí, obehnaly hradby; následovalo zavedení jednotného městského práva, po vzoru norimberského práva. V této době vznikají na druhé straně za řekou také i Hradčany.